Była to wieś rycerska książąt pomorskich, m.in. posiadał ją Mściwój a od 1124 roku Świętopełk. Osada położona była blisko szlaku bursztynowego, który wiódł przez Wyszogród do Świecia, przez Strzelce Górne, Topolno, przeprawiając się przez Wisłę w Starogardzie i dalej na Pomorze Gdańskie.

Po 1308 roku Zakon Krzyżacki, który zajął te tereny zdecydowanie postawił na hodowlę zwierząt domowych. Doczesne miejsce zajmowała hodowla koni wierzchowych dla rycestwa w Suponinku. Po wojnach krzyżackich Suponin powrócił do Polski.

W 1583 roku Suponin posiadał cztery duże gospodarstwa i należał do parafii Niewieścin.

W czasach zaborów odmówiono polskiej szlachcie dzierżawy majatków. Tak wydzierżawiony Prusakom został właśnie w latach 1777 - 1804 Suponin. W 1848 roku z wiązku z nieuradzojami panowało bezrobocie i drożyzna. wieś wymierała z głodu, choroby cholery, tyfusu. Kataklizm nieurodzaju trwał do 1867 roku.

W 1895 roku do wsi Suponin doprowadzono kolejkę wąskotorową, która prowadziła przez: Nakło, Koronowo, Bydgoszcz, Rybiniec do Suponina. Kolejka ta służyła do transportu materiałów budowlanych, transportu zboża, buraków cukrowych. W 1900 roku kursował pociąg osobowy do Suponina. Wybudowano drogę bitą (bruk) do obecnej Szosy Gdańskiej. Prócz żeglugi na wiśłe na owe czasy Suponin miał dobrą komunikację. Pod koniec XIX wieku wieś była wielkim majątkiem należącym do polskiego szlachcica Palacza. Do dziś jego pozostałością jest pałac.

W 1910 roku przeprowadzono meliorację tych terenów i utworzono 29 nowych gospodarstw chłopskich. Osiedlały się tutaj także rodziny niemieckie, które po 1920 roku gdy Polska odzyskała niepodległość powróciły do Niemiec. Pozostawione przez nich gospodarstwa rolne zostały przekazane żołnierzom bioracym udział w wojnie polsko-bolszewickiej oraz powstańcom wielkopolskim.W 1922 roku gospodarstwa w Suponinie zostały nadane Powstańcom wielkopolskim, ochotnikom na wojnę bolszewicką, hallerczykom i emigrantom z Ameryki. Opuszcający te tereny Niemcy dostali zapłatę od rządu polskiego za pozostawione gospodarki. Pozwalało to im na zakup nowych na terenie Niemiec.

Pierwszym sołtysem wsi Suponin po 1922 roku był Goryński Dionizy.

Po zlikwidowaniu szkoły w Suponinie w 1930 roku, dzieci chodziły do szkoły w Kozielcu. Sołtysem wtedy był Jan Pociot, który swą funkcję pełnił do 1939 roku.

W 1930 roku została zbudowana tutaj szkoła powszechna, została ona jednak z powodu małej ilości dzieci zamknieta w 1937 roku; od tej pory dzieci uczęszczały do szkoły w Kozielcu.

Po wybuchu II wojny światowej, wysiedlono z miejscowości wszystkich Polaków. Powrócili oni do swoich gospodarstw po wyzwoleniu w 1945 roku. Podczas wojny Niemcy nakazali zniszczyć wiejską kapliczkę. Była to figurka Matki Boskiej.

W Suponinie w 1939 roku aresztowano dziesięciu rolników jako zakładników, ponieważ przed wojna należeli do Krakusów i wystepowali w paradach w mundurach i za szablami. Zostali jednak zwolnieni.

W wojnie obronnej 1939 zginął kołodziej z Suponina - Alfons Grzela.

W 1945 roku była tak mroźna zima, że jak mówią mieszkańcy czołgi radzieckie przjeżdżały po lodzie na drugą stronę Wisły.

Już w lutym 1945 roku otworzono ponownie szkołę, która działała do 1970 roku. Od tego czasu została też wprowadzona komunikacja autobusowa celem dowozu dzieci do szkoły w Kozielcu. Obecnie w Kozielcu również działa szkoła podstawowa.

Na terenie wsi znajdują się pomniki przyrody, są to dwa dęby szypułkowe o obwodzie 272 i 311 cm.

W 1971 roku w intencji dziękczynnej została postawiona figurka Matki Boskiej, natomiast w 1992 roku ustawiono krzyż przydrożny dla upamietnienia odzyskania przez Polskę niepodległości.

W 1984 roku ustawiono krzyż na miejscu figury Bożej Męki która zburzyli Niemcy podczas wojny.

Ciekawostką może być to, że w 1986 roku podczas orki odkryto pozostałości wczesnośredniowiecznego grodziska.