Kotomierz jest miejscowością odległą od Dobrcza o 3 km. Przez wieś przebiega linia kolejowa łącząca Bydgoszcz z Gdańskiem. Linia ta powstała już w II połowie XIX wieku.

W przeszłości wieś była własnością szlachecką. W 1315 roku jej właściecielami byli Żyra i Wojciech. Także w tym roku ustalili oni granicę między Kotomierzem, a Wudzynem należącym do dóbr klasztoru byszewskiego.
W XVI wieku właścicielem Kotomierza był B.Siemieński. Wieś obejmowała wówczas 10 łanów. Po I rozbiorze Polski w 1772 roku podobnie jak pozostałe miejscowości Gminy Dobrcz, tak i Kotomierz znalzał się w zaborze pruskim. W latach 1807-1815 Kotomierz leżał w granicach Księstwa Warszawskiego, w Departamencie Bydgoskim. W okresie pruskim Kotomierz należał do Powiatu Bydgoskiego (zreszta podobnie jak dzisiaj). Około połowy XIX w. zmieniono nazwę Kotomierz na Klahrheim. Zmiana nazwy wsi wiąże się z nabyciem majątku w Kotomierzu przez Alberta Klahra (1850). W XVI w. właścicielem Kotomierza był B. Siewiński. Wieś obejmowała wówczas 10 łanów.

Po 1850 roku von Klahr przystapił do budowy dworu i zabudowań gospodarczych. Został on nieznacznie przebudowany w II polowie XIX wieku. Do 1850 r. istniał spichlerz, oraz stary nieistniejący już dwór powstały zapewne w końcu XVIII w. Kotomierz liczył 339 mieszkańćów, w tym 260 katolików i 79 ewangelików. Powierzchnia gruntów wynosiła 3386 mórg.Na przełomie XIX i XX w. majątek Kotomierz-Klahrheim drogą koligacji rodzinnych przeszedł we władanie rodziny von Otto. Jak wynika z planu melioracji gruntów sporządzonego w 1889 r. oba skrzydła dworu istniały już wtedy w obecnej formie. Do 1939 r. właścicielem Kotomierza był Paul von Otto.

W 1937 r. część majątku została rozparcelowana. W momencie sporządzania planu parcelacji tj. 01.IV.1937 r. powierzchnia majątku wynosiła 514,67ha. W czasie II wojny światowej, 10 listopada 1943 roku, na stacji kolejowej w Kotomierzu nieznany polski oddział partyzancki doprowadził do zderzenia niemieckiego pociągu towarowego z transportem wojskowym, który w wyniku katastrofy zapalił się. Wskutek zderzenia ruch kolejowy został wstrzymany na 24 godziny.Po 1945 r. w Kotomierzu został utworzony Zespół Państwowych Gospodarstw Rolnych. Następnie znajdował się tu Zakład Rolny wchodzący w skład Kombinatu Państwowych Gospodarstw Rolnych Kusowo. W lutym 1983 r. nastąpiło przekazanie Zakładu Rolnego w Kotomierzu na własność Zespołu Szkół Centrum Kształcenia Rolniczego w Karolewie. Użytkownikiem obecnie całego zespołu jest Gospodarstwo Szkoły Agro -Ekonomicznej w Karolewie, które prowadzi dośwwiadczalną produkcję roślinną i zwierzęcą. Wieś już od dawna posiadała szkołę, natomiast obecnie jest to budynek Szkoły Podstawowej im. Stefana Żeromskiego oddany do użytku w 1966 roku ( była to tzw. "Tysiąclatka).
W pobliżu szkoły znajduje się Ośrodek Zdrowia. Kotomierz jest obecnie dynamicznie rozwijająca się miejscowoąscią, powstaja nowe sklepy, punkty usługowe i jest chętnie wykorzystywana pod nowe budownictwo.